Resumen:
Scorponok captura a Arcee, y todos los Decepticons se dirigen hacia Cybertron.
Los Autobots también viajan a Cybertron, excepto Spike, que se queda con Cerebros, que está herido.
En Cybertron, Galvatron ha hecho construir un cohete gigante para mover el planeta hacia la Tierra, cuando en ese momento llega Scorponok con los Decepticons.
Los Autobots llegan hasta las coordenadas de Cybertron, pero al no encontrarlo, se dirigen hacia la Tierra.
En Nebulos, Spike ha reparado a Cerebros y llegan a una antigua ciudad del Emporio donde pueden controlar a las máquinas.
Los Autobots aterrizan en Cybertron, que se encuentra cerca de la órbita de la Tierra, y Ultra Magnus les cuenta los planes de Galvatron.
En la Cámara de energía plasma, Galvatron inserta la Llave, que al abrirse liberará la energía y destruirá todo el Sistema Solar.
Los Autobots han sido capturados, pero en ese momento, del espacio llega una gran nave, dirigida por Spike y Cerebros, que se han fusionado como un Headmaster.
Cerebros ataca a los Decepticons, y tiene que luchar contra Scorponok.
La gran nave se transforma en un robot llamado Fortress Maximus, y Cerebros a su vez se transforma en su cabeza.
Fortress Maximus consigue vencer a Scorponok, y Cerebros se interna en el robot para rescatar a los Autobots, y a Daniel y Arcee.
Galvatron y los Decepticons suben en Scorponok y huyen del planeta.
La energía plasma que libera la Cámara afecta a los Autobots, y solo Spike, Daniel y los nebulanos quedan en pie.
Spike se dirige a cerrar la Cámara, mientras los nebulanos modifican el cohete gigante para que absorba la energía plasma liberada que puede hacer explotar el Sol.
La energía plasma revierte nuevamente en Vector Sigma, que revive a los Autobots y reconstruye Cybertron, comenzando así una nueva Edad de Oro en el planeta.
Finalmente, los Autobots vuelven a Nebulos para destruir el resto de máquinas del Emporio, y allí Cerebros se quedará para vivir en paz, como guardián del planeta.
Viajando por el espacio dentro de Scorponok, Galvatron planea conquistar la galaxia, pero Zarak tiene otros planes.